מרסיליו מנודה מהכנסייה עקב פרסום זה והופך לבן לוויה של הקיסר לואי מבוואריה.
מלחמת מאה השנים (1453-1337): פורצת מלחמת מאה השנים בין אנגלי וצרפת ומתרחשת כולה על אדמת צרפת. העובדה שהאפיפיור הוא צרפתי מאוד רלוונטית בהקשר זה, וכן יש להין כי המאה ה-14 היא מאה קשה של משברים רבים.
באמצע המאה ה-14 פוקדת את אירופה מגפה קטלנית שתוך 3 שנים מחסלת מליונים ביבשת (ככל הנראה אבעבועות שחורות, דבר אולם לא יודעים בוודאות. מכונה "המחלה השחורה"). תופעה זו של מוות טוטאלי מעוררת שאלות רבות בקרב האוכלוסייה-במה חטאנו שמגיע לנו עונש כזה. מופנה אצבע מאשימה כנגד הכנסייה-על העושר שלהם, השחיתות שלהם. יש הרגשה כי מי שמנהל את הכנסייה והמוסדות הדתיים הוא האשם ולא הדת.
באותה תקופה, באנגליה, פילוסופ ותיאולוכ אנגלי בשם ג'ון וויקליפ (איש אוניברסיטה, כנסייה), מפרסם חיבור בו הוא טוען שכתבי הקודש הם הבסיס היחיד לאמונה הנוצרית. הוא אומר שכל מה שלא מופיע בכתבי הקודש, אין לו תוקף (כמו התפיסות אודות מרים אמו של ישוע, הימצאות האפיפיור ועוד). אחד הדברים שהוא אומר היא שההיררכיה הכנסייתית אינה מופיעה בכתבי הקודש ולכן היא שקרית. וויקליף קורא לממשל החילוני באנגליה לערוך רפורמה בכנסייה וטוען כי חובתו של השליט החילוני לדאוג למוסריותם ולאורך חייהם של אנשי הכנסייה.
בשנת 1378, האפיפיור, לאחר שמחליט לעזוב את אביניון ולחזור לרומא, מסתכסך עם אצילי רומא שתובעים למינויו של אפיפיור איטלקי והוא עם חלק מאנשי החצר האפיפיורית עוזב את רומא וחוזר לאיבניון. חלק אחר מהחצר האבניורית נשאר ברומא ובוחר אפיפיור אחר. כלומר, יש לנו שני אפיפיורים המכהנים בו"ז, כל אחד מהם מחרים את רעהו. זוהי מכה אדירה למעמדו המעורער והבעייתי של האפיפיור. הדבר מפלג את אירופה ויוצר כאוס תיאולוגי נורא.
בשנת 1409, יש ניסיון של הקרדינלים (יועצי האפיפיור) לפתור את הבעיה. הם מתכנסים בפיזה, מדיחים את שני האפיפיורים המכהנים ובוחרים במקומם אפיפיור אחד. הבעיה היא ששני האפיפיורים המודחים אינם מכירים בהדחה ונוצר מצב שבו יש שלושה אפיפיורים.
בשנת 1414, נעשה ניסיון נוסף לפתור את הבעיה. מתכנסת וועידה חדשה "קונסטנס" אשר מצליחה לסיים את הסכיזמה. כל השלושה מודחים ונבחר אפיפיור אחד. עד לימים אלה מכהן בתפקיד אפיפיור אחד בלבד.
המאה ה-15 מתאפיינת במיעוט של אנשי כנסייה. יש ירידה דרמטית באנשי הכנסייה. הרבה כנסיות ריקות, בישופים רבים מכהנים בו"ז על מספר בישופיות. יש שחיתות רבה בכנסייה ויש הרבה מאוד ענייני כסף.
מרטין לותר: פועליו של לותר מגיעים ממניעים תאולוגיים. בשנת 1517, 31 באוקטובר, נזיר אוגוסטיני המרצה באוניברסיטה לתיאולוגיה תולה על דלת הכנסייה בעיר ויטנברג שבגרמניה הזמנה לוויכוח תיאולוגי על התוקף של שטרי המחילה (אינדוליגנציות). בנצרות מחילת האבונות הוא רעיון מאוד מרכזי. על מנת לקבל מחילה על האדם הנוצרי להתחרט על מעשיו, להתוודות בכנסייה על חטאיו (עד המאה ה-12 זהו אקט פומבי הנעשה למול הקהילה. מהמאה ה-12 זהו אקט אישי וחשאי וכן יש חסינות לנאמר בזמן הווידוי). לאחר הווידוי על החטאים, הכומר נותן לאדם עונש (תפילות או הגבלת מזון או עלייה לרגל במקרים "קשים יותר"). לאחר שמילא את העונש, האדם מקבל מחילה על אותם חטאים שאינם חטאים ממיתים. כמובן שהאדם צריך להאמין אמונה אישית חזקה ויוקדת שאלמלא כן המחילה לא תעבוד.
במאה ה-12, האפיפיור אורבן ה-2, קורא לאצילי אירופה לצאת למסע צלב. בין השאר, הוא מבטיח שכל מי שיצא למסע צלב וימות בדרך או בקרב יקבל מחילת חטאים גורפת. זהו רעיון רדיקלי מאחר ואין כאן אמונה, חרטה, ווידו. יש הרבה מרכיבים שאינם עולים בקנה אחד עם היכרותנו עם הרעיון הנוצרי אודות מחילת חטאים. בהמשך, האפיפיורים מבטיחים שגם מי שלא ימות אלא רק יצא למסע צלב, יקבל מחילת חטאים. מובטח כי גם מי שלא יצא אך יעזור במימון מסע צלב יקבל מחילת חטאים. הכנסייה מגלה כי זהו כלי מעולה לגיוס כספים. מכריזים על מכירת "מחילת חטאים" לכל מי שישתף במימון בניית הכנסייה. השלב הבא הוא שאפשר לקנות שטר מחילה וכך קונה את המחילה שלך. הדבר נהיה חשוב במיוחד כשעולה הרעיון בגלל הבוגרגטורים. מרכיב אחד שלו הואהרעיון שיש נשמות בעולם הבא שאנחנו החיים יכולים לעזור להם להתנקות מחטאיהם. הרעיון של תרומת כסף ותפילה עשויה לסייע לקרובינו בעולם הבא מתחיל לחלחל במאה ה-12.
